关闭和封存宁边核设施，以及国际原子能机构核查人员对此进行验证，只是履行2·13共同文件“起步行动”中的第一步。按照这一文件的规定，接下来，朝方应与其他各方共同讨论朝鲜的全部核计划清单；朝方对其所有核计划进行全面申报，并将包括石墨慢化反应堆及其后处理厂在内的核设施去功能化。
对于这些后续问题，目前国际社会比较关注的有以下几点：一是高浓缩铀问题。美国至今仍然怀疑朝鲜存在高浓缩铀问题，而朝鲜则一再否认有这一计划；二是朝鲜提取的钚的数量。国际舆论过去对此有许多猜测，但至今这仍是一个谜团；三是“去功能化”的具体做法涉及不少专业性问题，需要各方协商。
与此同时，参与六方会谈的其他各方也各有自己承担的义务。美国在改善美朝关系上需要进一步表现出诚意。朝日关系当前正处于冰点，朝鲜对日本不断施压的做法表示极大的不满和愤慨，甚至认为日本不应继续参与六方会谈。因此，如何缓和朝日紧张关系是当前的一个难题。此外，按照“行动对行动”的原则，向朝鲜提供经济、能源及人道主义援助的任务如何安排，也是有待解决的重要问题。