２８日１６时３０左右，装载着“南海一号”的沉箱安全抵达广东海上丝绸之路博物馆里的“水晶宫”，历时７个多月的“南海一号”整体打捞工程画上圆满的句号。“南海一号”入住“水晶宫”后，标志着古船的文物发掘工作也将随之展开。
２８日上午，装载着“南海一号”的沉箱停在“水晶宫”门外约１０米处，１１时左右，工程人员开始对沉箱进行拉移，端坐在１６个气囊上的沉箱缓缓向前移动，每前进一段距离，吊车就把离开沉箱底部的气囊吊起，放到沉箱前面继续滚动。
１５时３０分左右，“南海一号”沉箱整体进入“水晶宫”。随后，工程人员将沉箱向“水晶宫”的正中位置调整。１６时３０分左右，沉箱距离“水晶宫”前后门各１２米，到达这个预定位置后，工程人员对沉箱进行加固，沉箱底下的１６个气囊也“功成身退”。
国家文物局局长单霁翔表示，“南海一号”进宫后，文物考古工作也将随之展开，如果各项工作进展顺利，最快半年后可对文物进行发掘。船上的６万件至８万件文物要通过科学的考古过程整理出来，这需要一个特别周密、严谨的体系，可能需要３年至５年时间，而此后对于古船和文物的研究还将持续相当长一段时间。