发挥河道的航运功能，杭州还将开通一系列水上巴士线路。计划在余杭塘河－五常港沿线新建5座旅游巴士码头，在上塘河－胜利河沿线新建19座旅游巴士码头，并在胜利河和五常港新建两座船闸。
河道沿岸管理用房、停车场、卫生设施、园林休憩建筑等配套设施、支小路改造等配套工程将同步推进，“大河通大船，小河穿小船”，建立起立体的河道交通系统，有效缓解杭州交通两难问题。
与此同时，为了方便岸上的居民游客，加快沿河游步道和自行车道等慢行系统建设，通过市区河道综保工程，未来几年内将新增1000~1300公里慢行道路系统。通过旅游休闲廊道建设、景区景点建设、码头和换乘中心建设、亮灯工程建设等等，为市民提供亲水休闲空间，尽情享受河道沿岸风光。